Самым сложным в романе является образ Понтия Пилата, допускающий наибольшее число самых противоречивых толкований. Пилат двойственен по своему положению. Он, с одной стороны, является вершиной политической власти в Ершалаиме, его распоряжения, даже и преступные, безоговорочно исполняются армией и тайной полицией, от него ждут решения участи подследственных сами арестанты, толпа и Синедрион. Но в то же время он всего лишь чиновник кесаря, его собственные карьера и жизнь зависят от единого слова императора.
Это подневольное положение порождает политическую трусость, обозначаемую термином «пилатчина»: это – совершение поступков, противных совести человека. По-человечески Пилат не только понимает невиновность Иешуа, но и пытается его спасти, предлагая своим взглядом арестанту солгать и опровергнуть показания доносчиков. Но Иешуа не хочет и не может лгать.
Пилат даже отомстил за смерть Иешуа убийством Иуды, но и это не могло приблизить его к истине Иешуа. «Двенадцать тысяч лун» мучит Пилата совесть за совершенное им зло, и то, что совесть в нем пробудилась, вызывает сочувствие к герою.
